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新冠病毒变异大汇总!我国学者联合团队分析新冠病毒基因组的演化并划分谱系

olivia chan

新冠肺炎已肆虐全球一年有余,新冠病毒SARS-CoV-2是一种正单链RNA病毒,其基因组与蝙蝠冠状病毒RaTG13的相似度为96%~96%,与从马来亚鲮鱼中分离的冠状病毒相似度为85%~90%。随着SARS-CoV-2基因组在全球流感数据共享倡议(GISAID)中的快速积累,在不同分离的SARS-CoV-2菌株中已经发现了数千个单核苷酸变异(SNVs)。

为了更好地追溯病毒基因组在大流行发展过程中的进化,北京大学生命科学学院陆剑课题组与中国科学院昆明动物所吕雪梅、张亚平课题组,中国疾病预防控制中心谭文杰课题组合作,dui 121618个高质量SARS-CoV-2基因组中的单核苷酸变异(SNVs)进行了分析。

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(全球时序新冠病毒变异谱系,图片摘自参考论文)

研究团队根据8782和28144位点的变异将这些病毒基因组分为两大系(L和S),并利用3037、14408和23403位点的SNVs将L系进一步分为两大亚系(L1和L2)。随后,团队又根据201个额外基因组位点的标记SNV将其继续细分为130个亚系(S系37个,L1系35个,L2系58个)。这种系/亚系指定系统具有层次结构,反映了主要系的亚系之间的相关性。

根据梳理出来的新型冠状病毒基因组的演化分析及谱系划分信息,团队建立了一个配套网站。通过该网站,团队将谱系信息进行了可视化处理,让变异信息统计、新冠病毒全球谱系等信息一目了然。研究学者还可以上传自己的SARS-CoV-2基因组进行亚系分类。

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(团队网站covid19evolution截图)

该研究囊括了目前出现的绝大多数新冠基因组变异并整理了它们的谱系关系,阐明其中各个谱系时空分布的规律,搭建出新冠病毒演化的大体框架,对理解病原体变异规律、新冠流行病学追踪、预测病毒的演化方向有重要意义。

参考论文:

http://doi.org/10.1016/j.scib.2021.02.012

配套网站:

www.covid19evolution.net


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